Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
HOXC9P31274 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXC9P31274 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms