Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS28Q9UK41 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms