Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms