Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
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