Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms