Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC54Q8NEL0 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms