Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC35.26■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
CCDC88BA6NC98 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC35.26■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC35.22■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC35.21■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC35.2■■■■□ 3.23
CCDC88BA6NC98 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC35.19■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC35.19■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC35.19■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC88BA6NC98 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC35.17■■■■□ 3.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms