Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms