Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
TRERF1Q96PN7 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms