Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms