Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC39Q9UFE4 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46 ms