Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

Predictions only

Length 608 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TDP1Q9NUW8 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TDP1Q9NUW8 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms