Protein–RNA interactions for Protein: Q5SNZ0

Ccdc88a, Girdin, mousemouse

Predictions only

Length 1,873 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88aQ5SNZ0 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Ccdc88aQ5SNZ0 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Ccdc88aQ5SNZ0 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88aQ5SNZ0 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Ccdc88aQ5SNZ0 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88aQ5SNZ0 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88aQ5SNZ0 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88aQ5SNZ0 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88aQ5SNZ0 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88aQ5SNZ0 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88aQ5SNZ0 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
Ccdc88aQ5SNZ0 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc88aQ5SNZ0 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc88aQ5SNZ0 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88aQ5SNZ0 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.5 ms