Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim40Q3UWA4 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim40Q3UWA4 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Trim40Q3UWA4 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
Trim40Q3UWA4 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim40Q3UWA4 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.2 ms