Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Col3a1P08121 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Col3a1P08121 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Col3a1P08121 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
Col3a1P08121 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Col3a1P08121 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Col3a1P08121 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
Col3a1P08121 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
Col3a1P08121 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Col3a1P08121 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Col3a1P08121 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Col3a1P08121 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC29.74■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.7■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
Col3a1P08121 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC29.68■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Col3a1P08121 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC29.6■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.33
Col3a1P08121 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Col3a1P08121 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
Col3a1P08121 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Col3a1P08121 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Col3a1P08121 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
Col3a1P08121 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Col3a1P08121 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Col3a1P08121 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
Col3a1P08121 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col3a1P08121 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.3 ms