Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS54Q9P1Q0 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms