Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMARCA1P28370 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 121 ms