Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 230.8 ms