Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DOAP06340 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DOAP06340 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DOAP06340 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DOAP06340 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DOAP06340 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DOAP06340 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DOAP06340 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DOAP06340 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
HLA-DOAP06340 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-DOAP06340 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-DOAP06340 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-DOAP06340 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-DOAP06340 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms