Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A1P02462 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A1P02462 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.64
COL4A1P02462 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A1P02462 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms