Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VAMP4O75379 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VAMP4O75379 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms