Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SYNE3Q6ZMZ3 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SYNE3Q6ZMZ3 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms