Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP4Q13107 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP4Q13107 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP4Q13107 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP4Q13107 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP4Q13107 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USP4Q13107 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP4Q13107 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP4Q13107 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP4Q13107 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP4Q13107 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP4Q13107 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
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