Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms