Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A4P53420 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms