Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

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Length 520 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
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