Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC40Q4G0X9 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms