Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms