Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms