Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS28Q9UK41 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms