Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
TRERF1Q96PN7 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
TRERF1Q96PN7 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRERF1Q96PN7 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRERF1Q96PN7 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRERF1Q96PN7 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRERF1Q96PN7 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRERF1Q96PN7 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms