Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC36.53■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.51■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC36.51■■■■□ 3.44
CCDC88BA6NC98 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC36.5■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC36.45■■■■□ 3.43
CCDC88BA6NC98 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC36.43■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC36.43■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC36.43■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC36.43■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC36.43■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC36.43■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC36.42■■■■□ 3.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms