Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms