Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SKA1Q96BD8 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SKA1Q96BD8 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SKA1Q96BD8 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SKA1Q96BD8 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SKA1Q96BD8 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SKA1Q96BD8 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms