Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC9Q9Y3X0 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC9Q9Y3X0 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.8 ms