Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF3Q9UKF6 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms