Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXA4Q00056 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms