Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A1P12109 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.8 ms