Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC9Q9Y3X0 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms