Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP54Q70EL1 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC28.26■■■□□ 2.12
USP54Q70EL1 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms