Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms