Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms