Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMD1Q9UGP4 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms