Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDC1P18827 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
SDC1P18827 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDC1P18827 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDC1P18827 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDC1P18827 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDC1P18827 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
SDC1P18827 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SDC1P18827 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SDC1P18827 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SDC1P18827 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SDC1P18827 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SDC1P18827 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms