Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VMP1Q96GC9 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms