Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SYNE3Q6ZMZ3 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms