Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.08■■■■□ 3.53
CCDC88BA6NC98 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC37.07■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC37.07■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC37.07■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC37.07■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC37.06■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC37.06■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC37.04■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC37.04■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC37.04■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.03■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC37.02■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC37.01■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC37.01■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC37.01■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC37.01■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC37.01■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC37.01■■■■□ 3.52
CCDC88BA6NC98 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC37.01■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC37■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC37■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.97■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC36.97■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
CCDC88BA6NC98 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC36.97■■■■□ 3.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms