Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL18A1P39060 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms