Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms