Protein–RNA interactions for Protein: P42858

HTT, Huntingtin, humanhuman

Predictions only

Length 3,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HTTP42858 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HTTP42858 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HTTP42858 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HTTP42858 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HTTP42858 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HTTP42858 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HTTP42858 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HTTP42858 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HTTP42858 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HTTP42858 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HTTP42858 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HTTP42858 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HTTP42858 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HTTP42858 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HTTP42858 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HTTP42858 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HTTP42858 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HTTP42858 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HTTP42858 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HTTP42858 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HTTP42858 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HTTP42858 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HTTP42858 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HTTP42858 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HTTP42858 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms